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制药工程专业涉及化学制药、中药制药及生物制药等领域，它们均属国家重点发展的医药行业领域，在国计民生中占有极其重要的地位。本专业的目标是要培养具有厚实的理论知识、宽阔的专业知识、扎实的实验技能，既能从事药物的研究开发，更擅长从事制药企业工程技术管理工作的高级制药工程技术人才。本专业设立的主要课程包括：无机化学、有机化学、分析化学、物理化学、化工原理、药物化学、药物分析、药剂学、药理学、制药工艺学和制药工程学等。2012年我校制药工程专业被确定为“雏鹰工程师教育培养计划”试点专业之一。